|
|
| |
|
|
| |
Full text of article
'Degioanni A, Gourjon G, 2010: Le mélange dans les populations humaines: modèles et méthodes d'estimation. Anthropologie (Brno) 48, 1: 41-56'. |
| |
| Abstract | | Throughout their history, human populations have exchanged alleles, leading to new populations showing varying genetic characteristics depending on parental population contributions. Since the early works of Bernstein, a lot of estimators of parental population contributions (admixture rates or coefficients) have been published. These admixture estimation methods can correlate observed allele frequencies in parental and admixed populations by a simple linear combination, allowing an immediate estimation of admixture rates. They can be more complicated, suggesting an estimation of admixture coefficients through bayesian or full likelihood approaches, which can include some evolutionary forces. Some have been widely used since their models offer a real interest or because of their great reliability. Some others have been phased out or forgotten, despite some interesting characteristics and/or a rather good reliability. We propose here a review of about forty estimation methods of admixture rates, and few comments about their use. | | | | Keywords | | Human genetic admixture - Estimation methods - Admixed population - Hybrid - Gene flow | | | | Resume | | Tout au long de l'histoire, les populations humaines se sont déplacées et ont échangé leurs allèles, donnant naissance à des populations mélangées. Ces dernières possèdent des caractéristiques génétiques qui dépendent des apports génétiques des populations parentales. Depuis les premiers travaux de Bernstein, de très nombreux estimateurs de ces contributions (taux ou coefficients de mélange) ont été proposés. Les méthodes d'estimation peuvent être simples, corrélant selon une combinaison linéaire les fréquences alléliques observées dans les populations parentales à celles observées dans la population mélangée. Elles peuvent aussi être plus complexes, proposant une estimation par des approches bayésiennes ou de maximum de vraisemblance. Certaines de ces méthodes sont encore actuellement très utilisées car elles présentent un intérêt au niveau des paramètres pris en compte, ou car elles ont prouvé leur fiabilité. D'autres ont été abandonnées ou oubliées, malgré des avantages intéressants et une fiabilité notable pour certaines. Nous proposons ici une revue d'une quarantaine de méthodes d'estimation des taux de mélange et une réflexion sur leur utilisation. | | | | Motscles | | Mélange génétique humain - Méthodes d'estimation - Population mélangée - Hybride - Flux génique | | |
|
|
|
Full text (PDF)
Export citation
Related articles